La sua costruzione ebbe inizio nel 1277 da Giovanni di Simone su iniziativa dell'arcivescovo Ubaldo de' Lanfranchi per accogliere le spoglie dei pisani.

Nel 1944, a causa della guerra, il tetto in piombo crollò e fuse, rovinando affreschi e sculture. L'opera di restauro che ne conseguì si concluse nel 1979.

Il complesso monumentale è costituito da monumenti funerari e sarcofaghi romani (riutilizzati per la sepoltura dei nobili pisani tra il XII ed il XV secolo) e dal Salone degli Affreschi.